KEGG とは
KEGG は細胞・個体・生物界がもつ生命の情報システムを分子間相互作用・反応ネットワークで表現し、コンピュータ上にモデル化したデータベースです。ここで言うデータベースは単なるデータリポジトリではありません。高度に組織化されたデータや知識で現実世界をモデル化したものなのです。ビッグデータから artificial intelligence で生成される AI/ML (人工知能・機械学習) のモデルに対して、KEGG のモデルは human intelligence で、すなわち選別された研究論文に記載された実験事実から人手による高品質の知識集約と組織化を行うことで、生成されています。ゲノムは生命の設計図だと言われていますが、我々が親から受け継ぐのはゲノムだけではなく細胞全体です。生命の起源につながる細胞の連続性 (生殖細胞系列) の中で、どのような情報システムが作られ、どのように伝えられ、また複雑化してきたかを明らかにしなければ、ゲノムを解読することはできません。このような観点から KEGG では、生命を構成する分子部品 (タンパク質やRNA) の作り方 (遺伝的設計図) が書かれたゲノムを、生命の基本単位である細胞において伝えられてきた分子間相互作用・反応ネットワークの情報 (化学的設計図) と統合することで、生命の情報システムをコンピュータ上に表現 (モデル化) しています。
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KEGG 開発の背景は以下にも記載されています。
Kanehisa, M.; "Post-genome Informatics", Oxford University Press (2000).
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