ゲノムネットのデータベース利用法［第３版］ 金久　實　編

【目次】

1　ゲノムネットの概要 　1.1　ゲノムネットとは 　1.2　ゲノムネットサービスの概要 　1.3　DBGETの基本概念：分子生物学データのウェブ 　1.4　KEGGの基本概念：遺伝子のウェブと分子間相互作用ネットワーク 　　1.4.1　遺伝子ユニバース 　　1.4.2　プロテインネットワーク 　　1.4.3　ケミカルユニバース 　1.5　ゲノムネットサービス一覧 　　1.5.1　利用可能な主なデータベース 　　1.5.2　利用可能な主な検索・解析システム 2　テキスト検索 　2.1　DBGETとWWW 　2.2　DBGET検索の概要 　2.3　エントリーの形式 　2.4　bfind検索 　　2.4.1　インデクシング 　　2.4.2　論理演算子 　　2.4.3　検索オプション 　　2.4.4　フィールド別検索 　　2.4.5　複合データベース 　2.5　bget検索 　　2.5.1　エントリー全体の取得 　　2.5.2　配列データの取得 　　2.5.3　立体構造グラフィックス 　2.6　LinkDB検索 　　2.6.1　リンクテーブル 　　2.6.2　内部データベースと外部データベース 　　2.6.3　データベースの全リンク情報検索 　　2.6.4　エントリーごとのリンク情報検索 　2.7　STAG検索 　　2.7.1　STAGとは 　　2.7.2　全文検索 　　2.7.3　データマイニング 　2.8　DBGETのその他の利用法 　　2.8.1　Unixコマンドでの利用 　　2.8.2　URLでの利用 3　ホモロジー検索 　3.1　はじめに 　3.2　ゲノムネットのホモロジー検索 　　3.2.1　BLAST検索とFASTA検索 　　3.2.2　クイックアクセステーブル 　　3.2.3　核酸塩基配列データベース 　　3.2.4　タンパク質アミノ酸配列データベース 　　3.2.5　KEGGの生物種検索 　3.3　検索オプション利用の予備知識 　　3.3.1　検索アルゴリズム 　　3.3.2　スコアマトリックス 　　3.3.3　ギャップペナルティ 　　3.3.4　統計的有意性 　　3.3.5　フィルタリング 　3.4　ホモロジー検索の諸問題 　　3.4.1　プログラムの選択 　　3.4.2　データベースの選択 　　3.4.3　検索結果の解釈 　　3.4.4　ホモロジー検索の新しい考え方 　3.5　参考文献 4　モチーフ検索 　4.1　モチーフ検索システムMOTIF 　4.2　利用の準備 　4.3　モチーフライブラリ検索 　　4.3.1　質問配列の設定方法 　　4.3.2　検索の実行と結果 　　4.3.3　カットオフ・スコア 　　4.3.4　ユーザーの作成したプロファイルライブラリの使用 　4.4　配列データベース検索 　　4.4.1　配列パターンによる検索 　　4.4.2　プロファイルによる検索 　4.5　プロファイル作成 　　4.5.1　マルチプルアライメントデータの設定方法 　　4.5.2　作成されたプロファイルを用いたモチーフライブラリ検索 　　4.5.3　作成されたプロファイルを用いた配列データベース検索 　4.6　参考文献 5　構造予測と機能予測 　5.1　はじめに 　5.2　マルチプルアライメント 　　5.2.1　ClustalW/ClustalX 　　5.2.2　PRRN 　5.3　タンパク質の二次構造予測 　　5.3.1　PHDsec 　　5.3.2　PSIPRED 　5.4　タンパク質の立体構造予測と表示 　　5.4.1　GenTHREADER 　　5.4.2　立体構造表示ソフト 　5.5　膜タンパク質の構造予測 　　5.5.1　SOSUI 　　5.5.2　TSEG 　　5.5.3　TMHMM 　　5.5.4　その他の膜タンパク質予測プログラム 　5.6　細胞内局在部位と生化学的機能の予測 　　5.6.1　PSORT 　　5.6.2　その他の機能予測プログラム 　5.7　遺伝子領域の予測 　　5.7.1　GeneMark.hmm 　　5.7.2　GENSCAN 　5.8　遺伝子制御領域の予測 　　5.8.1　MEME 　　5.8.2　TFSEARCH 　5.9　参考文献

6　KEGGのパスウェイ情報 　6.1　PATHWAYデータベースとは 　6.2　パスウェイマップの表現法 　6.3　代謝パスウェイ 　　6.3.1　代謝パスウェイマップの階層 　　6.3.2　レファレンスパスウェイ 　　6.3.3　生物種固有のパスウェイ 　　6.3.4　パスウェイマップ間のリンク 　6.4　DBGETによるPATHWAYデータベース検索 　6.5　制御パスウェイ 　　6.5.1　制御系の表現 　　6.5.2　遺伝情報処理の例 　　6.5.3　環境情報処理の例 　　6.5.4　細胞プロセスの例 　6.6　パスウェイ検索 　6.7　おわりに 7　KEGGのゲノム情報 　7.1　GENESデータベースとオーソログテーブル 　7.2　GENESの検索方法 　　7.2.1　DBGETによる検索 　　　7.2.1.1　GENES全体の検索 　　　7.2.1.2　生物種ごとの検索 　　　7.2.1.3　GENESエントリーの形式 　　7.2.2　Gene catalogから取得する方法 　　7.2.3　Genome mapから取得する方法 　7.3　GENESのリンク情報 　　7.3.1　GENESエントリーに記載されたリンク情報 　　7.3.2　LIGANDやSWISS-PROTで得られる機能情報 　　7.3.3　LinkDBで得られる情報 　　7.3.4　アミノ酸配列解析へのリンク 　　　7.3.4.1　SSDB 　　　7.3.4.2　FASTAとBLAST 　　　7.3.4.3　SOSUIとPSORT 　　　7.3.4.4　MOTIF 　7.4　オーソログテーブル 　　7.4.1　オーソログテーブルの表現法 　　7.4.2　オーソログテーブルを用いた解析 　　7.4.3　Select organisms機能 　7.5　KO (KEGG Orthology) 8　遺伝子ユニバースの探索 　8.1　KEGG/SSDBとは 　8.2　KEGG/SSDBを用いたオーソログ・パラログ検索 　　8.2.1　検索処理の起動方法 　　8.2.2　検索遺伝子名の入力 　　8.2.3　Smith-Watermanスコア閾値の入力 　　8.2.4　ベストヒットとベスト・ベストヒット 　　8.2.5　検索種類の入力 　　8.2.6　類似遺伝子のリストを出力するオプション 　　8.2.7　検索結果の表示 　　8.2.8　類似遺伝子リストの並べ替えと検索処理の繰り返し 　　8.2.9　検索結果に対する処理の起動 　　8.2.10　遺伝子間の類似関係を２次元的に表示するオプション 　　8.2.11　更新状況の表示 　8.3　KEGG/SSDBにおけるモチーフ配列検索 　　8.3.1　モチーフ配列検索の起動 　　8.3.2　Search motifs in a given sequence 　　8.3.3　Search common motifs in given sequences 　　8.3.4　Search sequences with given motifs 　8.4　URLの直接指定による検索の起動方法 　8.5　参考文献 9　化合物と化学反応の検索 　9.1　化合物と化学反応のデータベースLIGAND 　9.2　Chemscapeによる化合物と化学反応の構造検索 　　9.2.1　化合物検索（Search COMPOUND） 　　9.2.2　反応式検索（Search REACTION） 　9.3　反応パスウェイ計算 　9.4　酵素と化合物の階層分類 10　遺伝子アノテーション 　10.1　はじめに 　10.2　GFIT（Gene Function Identification Tool） 　　10.2.1　GFITを用いたオーソログ検索 　　10.2.2　検索処理の起動方法 　　10.2.3　結果表示の変更指定 　　10.2.4　検索結果の見方 　　10.2.5　検索結果に対する処理の起動 　　10.2.6　KEGGにおけるGFITの使われ方 　10.3　ゲノムネットの遺伝子機能予測法 　　10.3.1　GENESデータベースによる目的遺伝子の検索 　　10.3.2　モチーフ検索 　　10.3.3　SSDBとGFIT 　　10.3.4　SOSUIとPSORT 　10.4　コミュニティアノテーション 　　10.4.1　新しい実験データの反映 　　10.4.2　SYORF 　　10.4.3　BSORF 　10.5　ゲノムネットの医学情報 11　DNAチップの情報解析 　11.1　DNAチップとは 　11.2　KEGGのEXPRESSIONデータベース 　　11.2.1　データのフォーマット 　　11.2.2　データベースのアクセス法 　　11.2.3　エントリーの例 　11.3　KEGGのEXPRESSIONブラウザ 　　11.3.1　Javaアプレットの起動 　　11.3.2　アレイイメージ 　　11.3.3　スキャッタープロット 　11.4　クラスター解析 　　11.4.1　クラスター解析の設定画面 　　11.4.2　デンドログラム 　　11.4.3　二項関係データ

【執筆者一覧（五十音順）】

大久保宏一（日本SGI株式会社） 金久　　實（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 神谷　知美（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 川島　秀一（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 小池　麻子（株式会社日立製作所） 五斗　　進（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 佐藤　賢二（北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科） 佐藤　洋子（株式会社富士通九州システムエンジニアリング） 竹内　信江（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 中井　謙太（東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター） 中谷　明弘（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 平川　美夏（科学技術振興事業団） 福本　淳二（日本SGI株式会社） 古道　美穂（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 宮崎　智史（株式会社富士通長野システムエンジニアリング） 藪崎　純子（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 山本留美子（京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター）

B5版、208ページ、定価 本体2900円+税
共立出版
2002年11月15日発行