課題10.反応経路計算(KEGG)

与えられた2つの化合物間で可能な反応経路を計算してみる。

手順

  1. KEGG のパスウェイマップの項目から Genetrate possible reaction pathways を選ぶ。
  2. 始点の化合物と終点の化合物の番号 compound ID を入力する(例:C00022 と C00041)。
  3. 化合物番号がわからない場合は、searching LIGAND database using DBGET をクリックし、化合物名(例:pyruvate または alanine)を入れて検索する。
  4. Exec を押し実行する。
  5. 特定の生物種がもつ酵素反応に限定する場合は Search against メニューで生物種を選択して実行する。
  6. 酵素の基質特異性を考慮しない(酵素番号の4番目の数字を考慮しない)場合は、Select hierarchy for relaxation で Enzyme reactions (4 levels) とし、with level を 3 にして実行する。
  7. 結果のリストの [Show compound structures] をクリックすると反応経路のスキームが表示される。

URL のリスト

KEGG 目次
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

LIGAND データベース

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

化合物分類

http://www.genome.ad.jp/kegg/catalog/compounds.html

代謝経路図

http://www.genome.ad.jp/kegg/dblinks/map/map01100.html


バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: July 30, 1999