課題10.反応経路計算(KEGG)
与えられた2つの化合物間で可能な反応経路を計算してみる。
手順
KEGG
のパスウェイマップの項目から
Genetrate possible reaction pathways
を選ぶ。
始点の化合物と終点の化合物の番号 compound ID を入力する(例:C00022 と C00041)。
化合物番号がわからない場合は、
searching LIGAND database using DBGET
をクリックし、化合物名(例:pyruvate または alanine)を入れて検索する。
Exec を押し実行する。
特定の生物種がもつ酵素反応に限定する場合は
Search against
メニューで生物種を選択して実行する。
酵素の基質特異性を考慮しない(酵素番号の4番目の数字を考慮しない)場合は、
Select hierarchy for relaxation
で Enzyme reactions (4 levels) とし、
with level
を 3 にして実行する。
結果のリストの
[Show compound structures]
をクリックすると反応経路のスキームが表示される。
URL のリスト
KEGG 目次
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
LIGAND データベース
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html
化合物分類
http://www.genome.ad.jp/kegg/catalog/compounds.html
代謝経路図
http://www.genome.ad.jp/kegg/dblinks/map/map01100.html
バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: July 30, 1999