課題８．パスウエイ解析（KEGG）

手順１：類似立体構造と代謝パスウェイの関連解析

1. KEGG の Molecular Catalog から Enzyme classification by SCOP 3D-folds を選ぶ。
2. これも階層型テキストであるので、3. Alpha and beta (a/b) をクリックして第２階層を開く。
3. その中から、3.1 beta/alpha (TIM)-barrel をクリックして第３階層を開く。
4. この状態で、このページの上の方にある Pathway Search by [ EC をクリックする。
5. パスウェイ検索の画面になるので、検索対象 Search against を 3D structures in PDB にして実行する。
6. 結果の中からパスウェイを選び（例：pdb00400）、立体構造が類似な酵素の遺伝子がパスウェイ上で近傍に存在する例を探す。

手順２：オペロン構造と代謝パスウェイの関連解析

1. KEGG のゲノムマップブラウザから生物種（例：Escherichia coli）を選び、KEGG と書かれた部分をクリックする。
2. 遺伝子名検索のボックス Locate Gene ID に適当な遺伝子名（例：b1260）を入れ、リターンを押して実行する。
3. 拡大ウィンドウにこの遺伝子を含む領域が表示されるので、Pathway ボタンをクリックして、これらの遺伝子がでてくるパスウェイを検索する。
4. 結果の中からパスウェイを選び（例：eco00400）、ゲノム上で一連の遺伝子がパスウェイ上でも近傍に存在する例を探す。

5. 大腸菌の場合このようなオペロン情報はテーブル化されているので、KEGG の遺伝子カタログで、Escherichia coli の行で KEGG の下の Operons をクリックする。
6. このテーブルは階層的になっているので、5. Amino Acid Metabolism を選んで第２階層を開く。
7. その中から、5.24 trp をクリックして第３階層を開く。
8. この状態で、このページの上の方にある Pathway Search by [ EC をクリックする。
9. パスウェイ検索の画面になるので、検索対象 Search against を Escherichia coli にして実行する。
10. 結果の中からパスウェイを選び（例：eco00400）、ゲノム上で一連の遺伝子がパスウェイ上でも近傍に存在する例を探す。

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