課題7.タンパク質の立体構造分類(SCOP, CATH)

タンパク質の立体構造の基本形は1000個のオーダーしかないと言われている。これまでに分かっている立体構造を分類したデータベースを利用してみる。

手順

  1. SCOP データベースにアクセスする。
  2. Keyword search of SCOP entries を選択し、BCL と入力して検索する。
  3. ヒットした項目から、Class - Fold - Superfamily - Family - Protein の階層があることを理解する。
  4. 個々のタンパク質の PDB コードを調べ、ゲノムネットの DBGET で Rasmol を起動して実際の構造を比較してみる。
  5. 同様の解析を CATH で行い、SCOP と比較する。

URL リスト

DBGET による PDB のエントリー検索
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html

SCOP - タンパク質立体構造の階層分類(A.G. Murzin, C. Chothia)

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

CATH - タンパク質立体構造の階層分類(C.A. Orengo, J.M. Thornton)

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

FSSP - タンパク質立体構造の分類(L. Holm, C. Sander)

http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp/

PDBsum - PDB のサマリー

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/

PDB - PDB (Protein Data Bank) のオリジナルサイト

http://www.rcsb.org/


バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: March 24, 2001