課題６．タンパク質二次構造予測、膜貫通部位予測（nnpredict, SOSUI）

立体構造既知のタンパク質の二次構造を予測して、実際の二次構造と予測二次構 造を比較してみる。

手順

  1. PDB から水溶性タンパク質と膜タンパク質をそれぞれ選ぶ。
  2. それぞれのタンパク質のアミノ酸配列を取得する。
  3. 水溶性タンパク質の二次構造を nnpredict で予測する。
  4. 膜タンパク質の二次構造を SOSUI で予測する。
  5. PDBsum でそれぞれのタンパク質の二次構造を調べ、予測された構造と比較 する。

URL リスト

DBGET による PDB のエントリー検索
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html

nnpredict - ニューラルネットワークを使った二次構造予測（F.E. Cohen）

http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

PSIpred - PSI-BLAST を使った二次構造予測（D.T. Jones）

http://insulin.brunel.ac.uk/psipred/

PredictProtein - 二次構造、その他の予測（B. Rost）

http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/

SOSUI - 膜タンパク質の二次構造予測（S. Mitaku）

http://azusa.proteome.bio.tuat.ac.jp/sosuimenu0.html

PDBsum - PDB のサマリー

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/

CASP - タンパク質の立体構造予測コンテスト

http://predictioncenter.llnl.gov/

バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: March 24, 2001