課題５．モチーフ検索（MOTIF, Pfam）

手順：MOTIF

1. DBGET でアミノ酸配列データベース SwissProt ヒトの BCL-2 遺伝子（BCL2_HUMAN）を取得する。
2. SQ リンクをクリックして、fasta フォーマットのアミノ酸配列を取得する。
3. ブラウザの別ウィンドウを開き、ゲノムネットのホームページから MOTIF ボタンをクリックして、MOTIF 検索ページを開く。
4. 取得したアミノ酸配列をコピー＆ペーストする。
5. モチーフライブラリーは PROSITE PATTERN を選び、Start Search を押して実行する。
6. 検索結果に関連した立体構造があれば、RasMol でモチーフの立体構造上の位置を調べる。

手順：Pfam

1. 上記と同様に fasta フォーマットのアミノ酸配列を取得する。
2. ブラウザの別ウィンドウにPfam の PROTEIN HMM SEARCH を開く。
3. 取得したアミノ酸配列をコピー＆ペーストする。
4. Submit Query ボタンを押して実行する。

5. グラフィック表示のドメインをクリックすると、Pfam エントリーが開く。
6. Retrieve alignment ボタンを押すと、Pfam に登録されているマルチプルアライメントが表示される。
7. Java が使える場合、 What format: メニューで Jalview Java Viewer を選択して、Retrieve alignment ボタンを押すと、Java によるアライメント編集ツールでマルチプルアライメンとが表示される。

URL のリスト

PROSITE - Protein families and domains