課題3.ホモロジ─検索(FASTA, BLAST)

ヒトのアポトーシス関連遺伝子 BCL2 のアミノ酸配列をもとに、FASTA および BLAST プログラムでホモロジ─検索を行い、進化的・機能的関連を調べる。

手順

  1. DBGET からアミノ酸配列データベース SwissProt を選択して、キーワード検索(bfind mode で bcl2 と入力)を行い、ヒットしたエントリーのリストからヒトの配列を選択する。
  2. または、課題1ですでにエントリー名がわかっているので、bget mode でエントリー名(BCL2_HUMAN)を直接入力してもよい。
  3. 選択したエントリーの配列データの上にある SQ リンクをクリックして、fasta 形式の配列を取得する。
  4. ブラウザの別ウィンドウを開き、ゲノムネットのホームページから FASTA ボタンをクリックして、FASTA 検索ページを開く。
  5. 配列データを最初のウィンドウからコピーして、FASTA 検索検索ページのボックスにペーストする。
  6. 検索対象のデータベースを選んで(例:nr-aa)から、Exec ボタンを押して実行する。

  7. BLAST も同様にコピー・アンド・ペーストをして実行できるが、もっと簡単には SwssProt のエントリーの上にある LinkDB ボタンを押し、BLAST を選択すればよい(ただし、検索対象データベースは nr-aa のみ)。

URL のリスト

FASTA
GenomeNet: http://fasta.genome.ad.jp/

BLAST

GenomeNet: http://blast.genome.ad.jp/
NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/


バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000