課題2.タンパク質立体構造グラフィックス(RasMol, Chime)

アポトーシス関連タンパク質を立体構造データベースから検索し、その立体構造を RasMol または Chime でみる。

手順

  1. DBGET でタンパク質立体構造データベース PDB を選択して、キーワード(例:bcl)検索をする。
  2. ヒットしたエントリーのリストから一つ選択する(例:1AF3)。
  3. エントリーの最後にある Options: の 3. Lunch RasMol をクリックして立体構造ビューアを起動する。
  4. 表示方法(ワイヤーフレーム、ボールアンドスティック、スペースフィル、リボン、ほか)や色づけの方法を変えたり、回転したりして、立体構造を眺める。

URL のリスト

PDB - タンパク質立体構造データベース
http://www.rcsb.org/pdb/

PDBsum - PDB のサマリー

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/

PDB highlight 部分構造検索・表示

http://pacade.genome.ad.jp/pdb_highlight.html

RasMol - 生体高分子立体構造ビューア(ヘルパーアプリケーション)

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
ダウンロード: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm

~/.mailcap の設定(unix)
        chemical/x-pdb; xterm -T \"RasMol\" -e rasmol -pdb %s
授業(京大理学部)での設定

Chime - 立体構造ビューア(プラグイン)

http://www.mdli.com/support/chime/default.html
ダウンロード: http://www.mdli.com/download/chimedown.html


バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000