課題1.データベース検索(DBGET/LinkDB, PubMed)

さまざまな分子生物学データベースから、アポトーシス関連遺伝子 BCL2 に関する情報を検索/取得する。

検索手順: DBGET/LinkDB の場合

  1. DBGET で検索したいデータベース(例:SwissProt)を選択(クリック)する。
  2. bfind mode のラジオボタンを確認する。
  3. キーワード(例:BCL2)を入力し、リターンキーを押して検索を開始する。
  4. キーワードのマッチしたエントリーリストから見たいエントリーを選択する。
  5. エントリー中のリンクをたどって、他のデータベースで関連した情報を見る。

  6. 最初から見たいエントリー名がわかっていれば、検索画面(例:SwissProt)で bget mode を選び、エントリー名(例:BCL2_HUMAN)を入力してもよい。

  7. エントリー中にリンクのないものも含め、関連した他のデータベースのエントリーをすべて探すには、LinkDB ボタンを押して LinkDB 検索を行う。

検索手順: PubMed の場合

  1. PubMed の検索画面でキーワード(例:bcl2)を入力する。
  2. リターンキーまたは Search ボタンを押して検索をはじめる。
  3. 文献リストから見たい文献を選択してアブストラクトを見る。
  4. Related Articles のボタンを押して、関連する論文を調べる。
  5. 出版社へのリンクがあれば、全文を見ることができる場合もある。

URL のリスト

DBGET/LinkDB リンク図
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.link.html

DBGET/LinkDB の解説

http://www.genome.ad.jp/dbget/

DBGET client

ダウンロード: ftp://ftp.genome.ad.jp/dbget/client/
インストール:
         % gunizp -c dbget-client-1.9b.tar.gz | tar xvf -
         % ln -s dbget-1.9 dbget
         % cd dbget
         % make

PubMed - 医学・生物学関連文献データベース

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

SWISS-PROT - タンパク質アミノ酸配列データベース

http://www.expasy.ch/sprot/


バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000