ダイナミックプログラミング法による配列アライメント

D_{0, 0} = 0

D_i, 0 = i d (for i = 1 to n)

D_{0, j} = j d (for j = 1 to m)

ギャップペナルティ（一般式）

ギャップペナルティ（一次式）

a + b k

局所類似性（ローカルホモロジー）

統計的有意性（E-value）

統計的有意性（Z-value）

ボルツマン分布

タンパク質の構造エネルギー関数

ダイナミックプログラミング法によるRNA 二次構造予測

Hopfield 型ニューラルネット

)

ヘリックス・コイル転移の分配関数

)

判別分析

)

パーセプトロン型ニューラルネット

)

バックプロパゲーション型ニューラルネット

)

隠れマルコフモデル

)