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◇◇◇ ポストゲノム情報への招待 ◇◇◇ |
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京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター |
金久 實 |
著 |
ヒトからバクテリアまで数多くの生物種において全ゲノム配列が決定され、21世紀の生命科学ではゲノムの情報を基盤に、細胞、個体、生態系といった異なるレベルでの生命現象の理解が進み、同時にゲノムから有用性を見いだし産業化を行う応用研究が活発化すると考えられる。本書「ポストゲノム情報への招待」は1996年に出版した「ゲノム情報への招待」の改訂版であり、このようなポストゲノム時代の中心的な学問分野となりつつあるバイオインフォマティクス(生命情報学)への入門書である。配列と立体構造を中心とした従来のデータベースやデータ解析法に加え、本書では新たに細胞におけるタンパク質間相互作用ネットワークやグラフアルゴリズムといった新しい概念と方法論を紹介している。またゲノムネットの中心システムとして提供されているKEGGに関する唯一の日本語参考書でもある。
【目次】
1章 遺伝情報の伝達と発現
細胞 DNAとタンパク質 セントラルドグマ RNAの世界 分子生物学の技術革新 生物ゲノムの情報量 メンデルの遺伝法則 リンケージ解析 シークエンシング ゲノムの機能解析 生命の設計図 秩序とゆらぎ 2章 核酸・タンパク質の物理化学
一次構造 二面角 二次構造 ヘリックスの多型 立体構造 コンピュータ・グラフィックス 熱力学的原理 構造転移 反応キネティックス 3章 分子生物学データベース
関係データベース 演繹データベース オブジェクト指向データベース 文献データベース アミノ酸配列データベース 立体構造データベース 塩基配列データベース フラットファイル形式 ゲノムデータベース モチーフライブラリー 化合物と化学反応のデータベース アミノ酸指標データベース 系統分類データベース コンピュータ・ネットワーク リンク情報によるデータベースの統合 |
4章 類似性検索と構造・機能予測
ダイナミック・プログラミング グローバルアライメント ローカルアライメント ホモロジー検索 FASTAアルゴリズム BLASTアルゴリズム マルチプルアライメント 系統樹解析 シミュレーテッド・アニーリング RNAの二次構造予測 ホップフィールド型ニューラルネット 遺伝的アルゴリズム タンパク質の二次構造予測 階層型ニューラルネット コード領域予測 膜貫通部位予測 機能部位予測 隠れマルコフモデル 形式文法 3D−1Dアライメント エキスパートシステム 5章 ゲノム情報から生命システム情報へ
抽象化レベル 生命システム ネットワーク予測 グラフ KEGGオントロジー タンパク質間相互作用 グラフ比較 同型グラフ 相関クラスター パス計算 グラフの特徴抽出 2項関係と演繹 ポストゲノムへの視点 |
A5版、180ページ、定価 本体2300円+税
共立出版
2001年6月3日発売